（二）税基管理问题及影响
1、原有内、外资企业所得税在税基确认上原理相同但具体规定差异很大。新《企业所得税法》实施后，内外资企业的
天国降临 帝国风云之《圣武传》 灵动 步步生莲 一剑惊仙 重生之官道 http://www.xxk123.com www.xxk123.com (www.xxk123.com)税基确认标准将会统一，但实际工作中问题的复杂性以及对政策理解程度和计算方法的不同，都可能导致出现各不相同的结果。
2、新会计准则和税法的差异较大，增加了税基确认的难度。会计准则、会计核算方法的变化对会计利润和应纳税所得产生了较大影响，企业财务会计与税收之间的差异需要进一步协调，从而增加了税务机关和纳税人执行政策的难度。如新那一世小说网 http://www.xxk123.com会计准则将职工福利费统一在职工薪酬中核算，同时规定应付福利费结余，上市公司可以结余冲减当期管理费用，非上市公司继续按照原有规定使用，而新企业所得税法却依旧允许提取职工福利费，与新会计准则的不吻合使企业无所适从。
3、不征税收入界定不明确给应纳税所得额计算带来不便。新企业所得税法实施条例第二十八条规定：“企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除”。这一规定不区分支出性质，“不征税”的精神未真正体现。如果纳税人将不征税收入用于与取得应税收入有关的支出，而不能按配比原则进行扣除，则必然造成对不征税收入事实上的征税。
4、成本费用扣除项目规定不明确，使企业恶意增加成本费用扣除项目，减少应税收入，而适当凭证概念的引入，也给日常征管中对税前扣除项目的认定带来较大的弹性，使税、企间存在一定的分歧，无形中放宽了税前扣除的条件。如工资薪金的扣除，新法第八条和实施条例第二十七条、第三十四条中都用了“合理”一词，但“合理性”作为一个相对模糊的概念，在具体执行中由于理解角度和知识背景等差异很容易在征纳双方甚至征管机关内部形成不同的意见，另一方面对“在本企业任职或者受雇的员工”的界定亦不明确，在实际操作中，对于使用劳务派遣企业提供的劳务人员，企业职工应如何界定缺乏统一的征管口径。
5、税收优惠方面的时间认定规定模糊与相关规定不衔接，给实际工作中具体操作造成了困难。如开发新技术、新产品、新工艺的研究开发费用，根据《财政部国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》中，企业年度实际发生的技术开发费当年不足抵扣的部分可以在以后年度企业所得税应纳所得额中结转抵扣，抵扣期限最长不得超过5年，新法对企业以前年度结转技术开发费未抵扣额如何过渡处理无明确规定；又如新法规定运输工具、电子设备的最低折旧年限由5年分别缩短为4年和3年，而是仅适用于20xx年1月1日后购买的设备还是包含以前购买的设备规定不明。
（三）征管能力问题及影响
1、“一税两管”经过六年多的实践运行，导致税收征管成本不断增加、工作交叉、矛盾不断、效率降低，给征纳双方带来了很大的不便，无法体现税法的刚性，已成为当前企业所得税管理中面临的主要问题。虽然国家在20xx年出台了有关企业所得税管理权限的文件，但给企业在对企业所得税管理权限的选择上留下了操作空间，企业会随意变动注册资本中货币资金的比例，选择国、地税管理部门，另外由于国、地税两家对企业所得税管理程度的不同，势必会造成同类纳税人因归属不同的税务机关管辖而出现税负“倚重倚轻”的问题。
2、所得税优惠由传统的以区域优惠为主转变为以产业项目优惠为主的方式，给税务机关征管带来了很大的难题。如高新技术企业优惠、专用设备投资优惠、公共基础设施项目投资优惠等享有优惠产业和项目的资格认定问题，由于有关法规和文件对认定部门各方的责任划分不明确，税务机关成为了最主要的责任承担者，而以税务机关的专业领域来看，显然难以承担审核和认定的能力，客观上造成了认定责任和专业能力的失衡，必然带来管理上的隐患和漏洞。“开发新技术、新产品、新工艺”的认定亦存在类似问题。
3、税收征管信息系统中所得税相关模块升级相对滞缓，导致软件模块功能与所得税政策规定不同步、不衔接，无法真正实现管理与信息化同步发展。新旧税法更替，征纳双方在短期内面临新旧申报表的同时运用，如何及时保证更新税收征管信息系统，对税务机关的征管能力是一次考验。
（四）对企业所得税税收收入的影响
1、税率调整对收入的影响
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