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四）会计电算化和核算资料的集中管理导致税务监管难。在会计核算管理上，当前连锁超市采取购买或自行开发企业管理信息系统、财务管理系统来加强对企业经营过程的控制。根据《征管法》规定，从事生产经营的纳税人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件，应当报送税务机关备案。而在实际执行中存在三个问题：一是企业使用的财务软件以及各系统管理软件种类多样，各种财务数据归集及生成方法不一致，各类明细帐格式也不统一，给日常税务管理和税务稽查带来难度；二是会计核算软件报送备案规定执行不到位。在使用计算机记账的纳税人中，很少有企业向税务机关报送备案，而税务机关对此的管理也比较薄弱；三是目前多数财务软件都允许设置多个“帐套”，分别进行加密，各“帐套”之间的会计资料（如记帐凭证）可相互传递、取舍，而且对各帐套文件的存储无任何限制，既可存储在本机硬盘中，也可通过网络存储在其它硬盘、光盘等存储介质中，并可在已知密码的前提下，实行信息共享。这就为企业设置多套帐偷税、逃避税务检查提供了便利。在财务帐册数据管理上，目前连锁超市实行高度集中化管理，税务机关在稽查时不能及时掌握纳税人的资料，需要企业提供的统计数据和财务数据，都能临时生成。这样，企业提供数据的真实性、全面性则取决于企业。此外，税务机关在进行纳税检查时，需要到核算地开展工作，增加了税收成本。
（五）税收管查不到位现象存在。当前商业经营形式灵活,而对五花八门的商业促销活动，税务管理没有明确的政策依据，同时，税收管理员业务素质不高，普遍缺乏商业管理知识，都给管理造成了一定困难。税务稽查作为税收征管的最后一道防线，受各种条件的限制，对商业企业特别是大型商业超市检查面偏小，对商业营销了解甚少，没有有效地遏止偷税行为的发生。
三、对加强商业超市管理的建议
（一）全面推行税控装置。《征管法》明确规定：国家根据税收征收管理的需要，积极推广使用税控装置。税务机关要切实加强税控装置的推广力度，强制性要求所有超市必须纳入税控管理，所有业务通过税控机具开票，所有数据进入税控存储。在税控收款机中添加能准确记录纳税人经营情况，对纳税人销售出去的货物，无论是否开具发票，税控收款机都能自动存储销售额的“税控黑匣子”，税控收款机的密码由税务机关掌握，税务机关按月将其存储的信息和纳税人申报的信息进行核对，确保销售收入的准确性。税务机关应加强监督，促使超市全面使用税控装置，并强化日常检查，一旦发现未按规定使用、损毁或擅自改动税控装置的，可依照《征管法》进行处罚。同时加大对税控装置的检查力度，对不按规定安装使用税控装置的，实行从严查处，以纠其过。
（二）加强超市日常税收征管。一是依据原始单据记录，突出对商品购进和销售情况进行监管；建立定期盘点报告制度，对非正常损失及时进行处理。二是依据每日销售记录，突出核查购销明细情况。税务人员依据日销售记录，进行“两簿一表”对照，核实其实际经营状况，掌握销售额。三是依据银行和进货单据，突出对资金与货物的流向和流量进行双项比对管理。
（三）重视企业会计软件的报送备案制度。企业报送财务软件资料包括财务软件功能、操作程序、各环节数据来源等具体内容，当财务软件升级或主要功能改变时，应及时向税务机关备案。对未按规定报送的，应严格按照《征管法》规定进行处罚。同时，企业必须保管好纸质帐簿，以备税务机关审计或检查。税务人员要加强对企业财务软件的学习，掌握财务软件的操作和审阅方法，提高管理能力。
（四）加强税收管理力度，规范超市财务管理行为。一是加强对超市纳税人的税法宣传，辅导纳税人建帐建制，引导并规范其财务管理行为。二是对纳入增值税一般纳税人管理的，要责成其分品种、分柜组建立各种明细帐。必要时可以突击盘点某种或某类商品库存，查看其进、销、存是否相符，堵塞税收征管漏洞。三是深化超市税收分析。税收管理员要加强对超市税收的调查分析，掌握其“销售额变动率”、“成本毛利率”，定期开展纳税评估。对评估异常户采取“登点核查”等方式，核实真实销售额；对于“店中店”采取实地勘察、暗访、长期跟踪管理等方法，摸清租赁柜台或场地的真实情况；对承租承包人，按规定办理税务登记，纳入税务管理。
（五）加强商业超市发票管理。一是把超市的pos机销售记录与发票开票系统相连接，做到小票即发票。二是电脑版发票必须通过电脑开具，开具发票必须使用税务机关开发或认可的开票软件。三是发票开具必须内容完整。按照发票管理办法的规定，逐栏逐项填写完整，对将发票品名笼统地开为劳保、办公用品、日用品的，必须附列具体明细清单。四是加强对超市发票的审核，对其开具的增值税发票和普通发票的流向进行追踪，防止税款流失。五是加强普通发票的日常管理和监督。税收管理员定期对超市pos机的收银数据、上传数据、申报数据进行分析、评估，对超市pos机机打发票的使用情况进行抽查、核对，掌握其真实情况。
（六）加强对独立纳税人的税务管理。一是由超市管理者提供超市内独立纳税人的名单、经营面积、租金及经营状况，并定期提供变化情况，加强税源监管。二是超市内的独立经营者，必须按规定办理营业执照和税务登记，否则不允许其在超市内经营。三是定期清理超市内独立纳税人，对漏征漏管户要依法进行处理，对定额偏低的个体户调整定额。