2、合作社内部制度不健全。农民专业合作社组建与公司组建及运作不同，农民专业合作社无论是在注册、运行过程中，还是国家在促进其发展中，都有一定的管理弹性，尤其是农民专业合作社成员以农民为主体，对建立制度无疑是一个难题。正是由于此才造成一些合作社发展不规范，管理机制不健全，内部运行机制不够完善，工作的随意性较大。
3、缺少人才、技术、信息带头人。农民专业合作社以成员为主要服务对象，提供产前、产中、产后的技术、信息、生产资料购买和农产品的销售、加工、运输、贮藏等服务。这就要求农民专业合作社组织者必须具有获取信息的渠道和提供技术的能力。但我旗目前的情况是：农民有迫切改善现状的渴望，于是自发组织起来进行了登记，但是在登记的过程中就会发现，有的连表格的填写都有困难，我们只能帮助其填写，有的甚至对农民专业合作社政策根本不了解，这也就造成了在运行过程中，诸如缺乏农民专业合作社的专业知识，缺乏有实践经验和市场知识的带头人等问题的存在。二是合作社的产品多为初级产品，没有专业化的技术设备，导致生产的产品科技含量不高，进入市场的机会也相对较低。
4、各部门之间缺乏信息沟通。虽然为农民专业合作社服务的相关部门都陆续出台了一些优惠政策，但只是停留在自己部门的工作操作中，各部门之间的信息不能互通，结果49户合作社中就有42户是从事种植、养殖。
5、为得到国家财政补贴钻注册登记的空子。一是部分农民不明白成立合作社的真正意义，《农民专业合作社法》的颁布确实有一些比较吸引人的优惠政策，为了能得到国家财政补贴的目的，用家庭成员的名义拼凑够法律要求的成员5人以上的规定，成立合作社。这种所谓的合作社虽具有法定形式，但其生产规模仍是家庭联产承包责任制下的个体农民家庭，再加上相关政策不配套，合作社登记后是否经营正常，是否名存实亡，工商部门难以掌握；二是有的组织形式明明不是合作社，只属于个人投资或者合伙，考虑到工商部门办理农民专业合作社营业执照不需要验资，出资情况只需填写一张“出资清单”，提交相对注册公司简单得多的手续就可以拿到营业执照，而且不收取任何费用。再加上工商部门对合作社有着“不收费、不年检、不处罚”的优惠政策，导致个别人带着钻法律、政策空子的心理来登记农民专业合作社。
6、利益联结机制较松散。##旗的农民专业合作社普遍规模小、实力差，绝大多数没有实行二次返利，甚至大多数没有分过红，没有与成员建立起利益共享、风险共担的紧密型经济关系。目前的合作社多数是通过对农户提供技术信息服务、优惠供应生产资料、种禽种苗等形式，与成员建立起相对稳定的购销关系，有的组织尽管与农户签订了合同或契约，确定了最低保护价，但由于缺乏规范性，违约现象时有发生，双方利益得不到有效保障。
7、相关政策不完善导致监管困难。国家颁布《农民专业合作社法》是国家惠农的大好政策，是出于对这一经济形式的鼓励和扶持而制定的。但由于既没有明确监管措施，也没有规定罚则，给工商部门的监管造成了一定的困难。在这次调研中发现的一些合作社组织形式不规范、长期不运行等实际问题，都由于在法律上没有相关规定而无法进行规范，甚至对于合作社的违法行为法律也没有明确规定。
三、发展农民专业合作社的对策和建议
##旗的农民专业合作社还处于官办向民办的体制转型期，官民联办，企民联办和民办的组织虽然是雏形时期，但却显示出了旺盛的生命力。从推进农民专业合作社发展的角度看，还有很多亟待解决的问题。对此，提出如下对策和建议：
1、围绕特色主导产业，壮大合作社事业。围绕当地农业特色主导产业和产品因地制宜组建合作社。通过农民专业合作社真正把千家万户的农民联合起来，将一些经营分散、规模小的农户，按照市场化要求、区域化布局、专业化生产、标准化管理、集约化经营、品牌化销售组织起来，实行产销联合，做大做强合作社事业。
2、探索合理运行机制，不断完善服务内容。农民专业合作社搞的好不好？有没有凝聚力和竞争力？关键是看它的运行机制优不优。我们应从本地实际出发，以农民获得最大的利润为目的，引导建立适合当前农民专业合作社发展的科学合理的运行机制，确保农民专业合作社做大做强。在管理上，按照合作制原则，重大事项充分协商、以票决定，做到民主决策；在经营上，按公司制运作，实行成员大会和理事会制度；在利益分配上，采取以成员与合作社之间按交易额比例返还和股份分红相结合的分配方式，建立农户与合作社之间的利益联结机制，在同担风险、共享利益的基础上为农户提供信息、技术等服务，形成产、供、销一体化发展。
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