（二）关于利息支出扣除问题的税务处理。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条第四款指出“开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有 www.xxk123.com (www.xxk123.com)关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发 http://www.xxk123.com费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。”土地增值税出台的时机市场通胀压力很大，银行利率在高位运行，企业融资费用非常之高，随着国家整体经济的发展，银行利率一降再降，许多企业实际发生的财务费用已经低于取得土地使用权价格和开发土地和新建房及配套设施成本之和的5%.这时，部分开发企业以不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明为借口，以不能完整提供资料为借口，要求执行“房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除”。我们认为，对没有发生融资费用的企业，因不存在利息支出，也就不存在扣除的问题。
目前新的《企业会计准则第3号—投资性房地产》指出“自行建造的投资性房地产的成本，由建造该项资产达到预定可使用状态前所发生的必要支出构成”。许多企业依据此将建造房地产开发项目向金融机构借款发生的利息支出，将属于房地产项目完工前发生的，按规定计入了房地产开发成本并予以扣除，将属于房地产项目完工后发生的，计入房地产开发费用中的财务费用并按规定予以扣除。企业如此处理在土地增值税清算过程中，不但加大了建设成本，而且因为加计扣除的规定，计入成本的利息最多可再加计30%.我们认为，这样做是不符合《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的要求，同时我们认为这是税法和会计的差异，根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，当税法和会计存在差异时，应该按照税法的规定计算纳税。所以，我们不允许企业在进行土地增值税清算过程中将利息支出列入房地产开发成本。
（三）清算时间对土地增值税的影响。土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。具体的时间条件有：一是房地产开发项目全部竣工、完成销售的；二是整体转让未竣工决算房地产开发项目的；三是直接转让土地使用权的；四是已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；五是取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；六是纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
在实际工作中，清算的时间直接影响税款入库时间，具体有以下两种情况：1、企业对项目的工程结算具有滞后性，而且项目开发多分期进行，建筑安装成本结转不及时，竣工决算迟迟不做，造成房地产开发成本不真实。2、房地产企业普遍存在开发的房地产项目大部分已销售，有的剩余一些普通住房，有的剩余一些商铺，因预售许可证未满三年，当前的清算原则就是把未售部分的成本剔除，不进行清算，这就存在二次清算的需要。二次清算就可能存在适用税率不一样，对税款造成影响。如果对项目全部重新清算，将再次耗费人力和时间，无疑会加大税收成本。
（四）关于清算过程中其他相关税种的管理问题
在土地增值税清算过程中我们应同时加强对相关税种的管理。例如，我们在日常清算中发现某企业开发的房地产项目为钢结构和整体墙面，房地产开发企业自行购进了钢结构和整体墙面并取得了销售发票，再由施工方进行了安装，施工方仅就安装工程费和辅料进行了营业税申报，我们认为钢结构和整体墙面也应该作为计征建筑业营业税料、工、费中的料。企业对此提出了异议，认为钢结构和整体墙面不应该作为计税依据，我们认为根据《国家税务总局关于纳税人销售自产货物提供增值税劳务并同时提供建筑业劳务征收流转税问题的通知》（国税发[20xx]117号）文件的要求，“纳税人以签订建设工程施工总包或分包合同（包括建筑、安装、装饰、修缮等工程总包和分包合同，下同）方式开展经营活动时，销售自产货物、提供增值税应税劳务并同时提供建筑业劳务（包括建筑、安装、修缮、装饰、其他工程作业，下同），同时符合以下条件的，对销售自产货物和提供增值税应税劳务取得的收入征收增值税，提供建筑业劳务收入（不包括按规定应征收增值税的自产货物和增值税应税劳务收入）征收营业税：（一）必须具备建设行政部门批准的建筑业施工（安装）资质；（二）签订建设工程施工总包或分包合同中单独注明建筑业劳务价款。凡不同时符合以上条件的，对纳税人取得的全部收入征收增值税，不征收营业税。以上所称建筑业劳务收入，以签订的建设工程施工总包或分包合同上注明的建筑业劳务价款为准”。只有销售自产货物并同时提供建筑业劳务，且有建安资质和标明建安劳务价款，自产货物才可以只缴纳增值税，对房地产企业购买，交由建安企业安装的，都应该按照《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》“第十八条纳税人从事建筑、修缮、装饰工程作业，无论与对方如何结算，其营业额均应包括工程所用原材料及其他物资和动力的价款在内”的要求，作为材料计征营业税。
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