（五）关于通知清算的纳税人的后续管理问题。
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[20xx]187号）文件“符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。”对通知清算的纳税人，根据187号文件的有关规定“在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积”。我们认为这只能是工作的第一步，当剩余房产全部销售结束后，纳税人应对全部房产进行一次统算。因为对普通住宅存在增值额未超过20%的免税，当房价持续上涨时，因为成本已经确定，如果先期清算时增值额未超过20%，后期因销售价格上涨，有可能统算中超过20%这个临界点，同理，当房价持续下跌时，有可能出现前期增值额超过20%的项目，统算后不足20%.所以我们认为对于通知清算的纳税人，在全部项目结束后，应在进行一次统算。
三、对土地增值税清算工作的建议
（一）开展调查摸底，建立清算档案。详细摸清各地房地产企业的开发项目、工程竣工验收、开发成本费用、销售情况、税款缴纳等情况，梳理历年来房地产开发项目的基本信息，分类建立土地增值税数据库。同时，建议统一由市地税局出台清算实施细则，对一些清算模糊问题作出具体规定，明确清算口径、时间、方法。在《中华人民共和国土地增值税暂行条例》允许的范围内，简化清算程序，提高土地增值税清算工作的可操作性。
（二）对销售收入确认标准进行把关。当前房地产销售的方式一般有：首付款加按揭、一次性付清款项以及分期付款，其中，最主要的方式是首付款加银行按揭。在对销售方式确认时，要注意区别于预售款，防止纳税人以预售的名义延迟计算纳税。在确认销售收入时要注意收入的完整性，将外部了解调查的情况与纳税人不同房源类型的单位销售价格进行比较，找出其中可能存在的收入转移。在对收入确认的审核中，要分清不同销售方式下的收入确认日期：付款日或取得索取价款凭据日、银行按揭贷款转账日、合同约定付款日等日期，确定销售收入是否及时确认，以继而确定其完整性。
（三）严格按照房地产开发企业会计核算的要求，对房地产开发成本按照规定的六个明细科目进行成本归集或调整。房地产开发企业会计制度中对开发成本按照六个明细科目进行成本核算的要求，是顺应房地产开发行业中开发流程多、时间跨度长、资金耗用大这一自身规律的一种核算总结，因此，严格按照这样的明细科目进行成本归集并适当调整，非常有利于清算工作中对各扣除项目的甄别和对加计扣除项目的准确计算，同时也有利于提炼单项数据信息，供同一地区不同清算对象间进行横向比较，以及为其他需要实行核定征收的项目提供核定依据。同时，注意区分开发间接成本和开发费用。在区分纳税人开发间接成本与开发费用时，要注意两种可能的倾向：一种是纳税人故意混淆这两种成本费用，另一种是由于核算水平限制，纳税人对部分比较容易模糊的成本费用区分不清，主要可能发生在纳税人仅仅开发一处房地产项目，而导致对部分成本费用区分不清。而比较容易混淆的是开发间接成本与开发费用中的管理费用容易被模糊理解。在实际审核中，可以要求其列出各自的明细项目及金额，将对应或相近的项目进行比较后，就可以区分出其合理归属。
（四）要区别于企业所得税的计税核算。在企业所得税核算中，要求计算各项应税收入的总额及与收入相关的成本费用，要把握收入与成本费用之间的相关性、配比性及合理性等原则，对所发生的不相关、不配比、不合理的成本费用不得在税前扣除。而在土地增值税清算中，计算收入时仅指房地产销售收入或视同销售的房地产销售收入，而对其他如利息收入、租赁收入等收入，都不是清算的对象。因此，在计算扣除项目时，除不予清算收入的相关成本费用不得计入扣除项目外，对其他实际已发生的成本费用，基本上是可以计入扣除项目的，只是在会计核算时，要严格按照规定的会计要素和明细科目进行确认。如果说，不同企业间的成本费用特别是期间费用，其金额存在着不相同，那也只是企业管理中的成本控制问题，而在其清算中需要尊重实际发生这一基本原则，当然也要核实其真实性。在对利息支出的处理中，在会计实务上要求对完工前的利息支出计入产品成本，而对完工后的利息支出却计入期间损益。会计处理即便不同，一般也不会影响企业所得税的计算，而在进行土地增值税清算时，就需要单独调整成利息支出专项扣除，如有已计入开发成本项目的部分则应调整出来。
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