2、公允价值的测算难度
新会计准则对公允价值的获取方式做出了规定。首先，不同类别资产的公允价值获取方式不尽相同，对那些没有活跃公开市场的金融资产，公允价值的取得很大程度上有赖于相关人员的专业判断或委托评估公司评估，这种判断往往带有一定
的主观性，留下了操纵当期利润的一道关口，因此如何合理设计公允价值的获取方式，并确保公允价值的准确性既是重点，也是难点；其次，由于获取公允价值要涉及银行的信贷管理、金融市场、国际业务、个人金融、财务会计等多个部门，很多工作都是开创性的，对银行的业务流程再造和整体协同能力等方面提出了很高的要求。
3、实际利率法的应用
在贷款、债券资产等业务核算中要频繁使用实际利率法。对于固定利率的贷款和债券资产的实际利率的计算，即固定利息收入与金融资产以及相关手续费之和的比值，需要具体核算在每笔贷款中所支付的相关手续费，这是难以精确计量的。对于浮动利率的贷款和债券资产，其实际利率的计算要基于对未来现金流量的判断，如何确保数据的可得性和准确性也是一个难点。同时，实际利率的不断变化也会增加银行损益的波动性，可能会削弱银行披露的会计盈余的稳定性。
4、资本充足率管理的难度加大
衍生金融工具纳入表内增加了风险资产，导致计算资本充足率的加权风险资产发生变动，可供出售类金融资产公允价值的变动计入所有者权益，加剧了附属资本的变动，按可收回金额现值与账面值的差额提取减值准备后，导致损益的波动，从而影响附属资本。这些变化将增加银行资本的波动性，使上市银行资本管理面临新的课题。
5、核算及管理系统的更新开发
应用新会计准则并不是简单的会计政策的转换，特别是银行机构，在会计核算方面，如新准则要求商业银行推进统账制（外币业务发生时直接以本币记账，月末再对每个账户进行估值）、大量“现值”的引入，以及新口径信息报告等，要求商业银行对现行的会计核算系统、各种业务交易系统及内部管理等电子化进行改造或开发；在管理方面最为关键的是把新准则的精神和实质“植根”于银行自身的核算及管理体系中，让整个核算流程及管理体系符合新准则要求，而且能够把这些信息用来管理资本、风险和业务，做到“管理流程层面”和“会计账目层面”的切换真正与新会计准则对接。
6、与税务政策存在诸多差异
目前，税务监管当局尚没有明确对新会计准则实施后的纳税处理，特别是企业所得税中诸多情况，商业银行出于纳税考虑，不敢轻易将原来的核算方法完全摒弃。但同一套会计核算系统又不可能同时支持两个差异很大的法规制度，即使在企业所得税申报时做纳税调整处理，也将非常复杂。以固定资产折旧调整为例，税法规定残值率为5%，而新会计准则未规定残值率，两者折旧年限规定也不同，带来长期大量的纳税调整计算，工作量巨大；又如，新准则按照市场化和国际化的要求，改进了成本核算项目和方法，要求企业考虑预计环境恢复等资产弃置费用等，将企业担负的社会责任引入会计系统，以更为科学、全面地反映成本信息，但税法中未明确此类成本费用能否在税前扣除；再如，新准则引入公允价值后，因某时点上资产公允价值上升或下降，导致企业在损益项目上列示收益或损失，此类收益或损失如何在税收上进行调整等。
7、统计口径的差异
原金融企业会计制度要求商业银行按期限对金融资产及负债分类，如存款分为活、定期存款，有价单证投资划分为“短期投资”、“中长期投资”两大类，贷款则先划分为自营贷款、委托贷款核算，再将自营贷款划分为短期及中长期贷款进行核算，这基本与金融统计指标相一致。在新准则实施之后，将改变金融资产负债传统按期限的分类方式，而将金融资产划分为交易性金融资产、持有到期类金融资产、可供出售类金融资产、贷款及应收账款；将金融负债划分为交易性金融负债和其他金融负债；且资产与负债的分类一经确定，不得随意变更。资产负债分类方式的改变能使商业银行信息披露更为全面、风险判断更为有效，但商业银行统计部门难以将现行金融统计指标与调整后资产负债进行简单的划分和对照，需要重新建立一套与新会计准则相适应的金融统计指标。此外，新准则下，公允价值的引入及资产负债范围的扩大（将衍生工具隐含的各种权利和合同义务确认为金融资产或负债，已经证券化的信贷资产以及其他不能满足终止条件的金融资产和金融负债纳入表内核算），也给金融统计部门带来数据难以估量的困难。