(二)未涉及对所得认定标准差异的处理
随着两岸交流的深入，跨两岸所得的形式越来越丰富。由于两岸对所得征税范围、征税对象、常设机构判定等规定不同，使得在对跨两岸所得征税时容易产生矛盾，造成对同
一笔所得进行双重征税。现行的两岸避免所得重复征税的政策措施中未涉及对所得认定标准差异的处理。
(三)缺少相关税收信息交流的途径，抵免过程繁琐
实行限额抵免可以起到避免重复征税的作用，但因为要进行抵免，势必要求居住地税务机关对纳税人在来源地的实际收入和税收情报进行调查核实，由于两岸没有签订类似税收协定的有关文件，又缺少相关税收信息交流的途径，两岸税务机关难以掌握纳税人真实的税收资料，限额抵免的真正效果并不理想。另外，进行税收抵免对税务机关和纳税人来说是一项复杂且费时的工作。台籍人员申报大陆来源所得的认证过程复杂，先要在大陆公证，再要得到海基会的认证，因此很少有台商去申办。据台湾财政部统计，最近几年，号称百万人的大陆台商年均只有500人左右在台报税，申报率奇低。
(四)未体现大陆对台商的鼓励政策
为鼓励台胞在大陆投资经营，大陆出台诸多鼓励政策，特别是优惠的税收政策。长期以来，台资企业适用《外商投资企业和外国企业所得税法》，享受到优惠的税率和税收减免。虽然从20xx年1月1日起，台资企业将适用新颁布的《企业所得税法》，但新法中给与享受低税率优惠的企业5年过渡期，原来承诺“两免三减半”没有享受完的企业，还可以继续享受完这些优惠政策。另外，大约60％港澳台企业是小企业，因此可以享受小型微利企业20％的优惠税率；若属于国家需要重点扶持的高新技术企业，税率更低。 对于台资企业来说，若想真正得到税收优惠需要有两岸之间的税收饶让政策。严格地说，税收饶让不是一种独立的避免重复征税的方法，只是抵免法的附加。税收饶让可以保障台胞在大陆得到税收优惠的那部分所得税，在台湾视同为已缴纳税额而给予抵免，不再按台湾税法补征。但由于两岸缺少税收饶让政策，大陆给予台商的税收优惠得不到有效落实，鼓励台商在大陆投资经营的效果会大打折扣。
四、避免两岸所得重复征税的几点建议
(一)避免对跨两岸所得重复征税的最佳方式，就是签订一套完整、详实的协调两岸税收关系的文件，即税收协定
由于大陆与台湾属于同一个主权国家，因此对签订的文件在名称上应该回避“协定”二字。签订有关避免重复征税的文件，可以协调税收管辖权，明确所得、常设机构等基本概念，确定避免重复征税的方法。签订有关避免两岸重复征税的文件应该注意以下一些问题：
1．签订有关避免重复征税的文件依据的范本。台湾属于资本输出地，因此主张依据oecd范本；而大陆则倾向于联合国范本。选择签订有关避免两岸重复征税文件的依据，应注意整体的利益得失。
2．两岸签订有关避免重复征税的文件应该借鉴内地与香港、澳门分别签署的《对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》。借鉴两个《安排》，是因为台港澳存在很多共性，比如经济制度、与大陆的经贸往来等。但实际上台港澳的差异也是明显的，比如税收制度、经济结构、政治背景等。因此，两岸签订有关避免重复征税的文件应该与两个《安排》有显著区别，具有海峡两岸关系的自身特点。
3．由于政治原因，两岸通过官方签订有关避免重复征税文件的这种做法，现阶段实施起来存在很大困难。政治因素不仅限制了两岸交流，而且也阻碍了两岸解决重复征税问题的进程。
(二)在两岸暂时不能通过官方签订有关避免重复征税文件的情况下，应该考虑一些灵活、过渡的方式：
1．通过单边或多边方式，针对部分所得项目，出台有关政策或签订某些文件，特别是对两岸交流中日渐增多的某些所得项目，避免对其重复征税；
2．简化申报抵免程序，尝试增加两岸税收信息的交流；
3．逐步建立处理税收争议的协商机制，在没有签订有关避免重复征税文件的情况下，妥善处理税收冲突；
4．随着避免两岸所得重复征税各项政策措施的增多，逐步由分散规定的条款整合为统一完整的相关文件。
(三)无论采取哪种方式和方法，无论是现在还是未来，避免两岸重复征税制定的政策或签订的文件，应该在维护公平、保证各方利益的前提下，鼓励台胞在大陆从事生产经营或其他活动，促进两岸经贸、技术和文化交流，实现共同繁荣。