一、医院成本核算体系
医院成本核算体系是按实用的成本分类，按经营层次（单位）和医疗产出单位，建立不同层次、不同项目的目标成本计划制度，并核算实际成本，以加强成本管理。这种实用的全面配套的成本核算就是医院成本核算体系。
建立医院成本核算体系必须具备各项财务管理、经济管理和医疗产出管理的基础工作条件，并与
上级机关的财政管理政策相适应。因此需要经过逐步改革和完善的过程。目前，主要是以科室成本核算和医疗项目成本核算为主，今后应逐步创造条件，建立科室成本、医疗项目成本、病种医疗DRG成本，以及日/床医疗成本和门诊人次医疗成本等标准成本和实际成本核算的方法和制度。
目前我国医院以传统医疗指标作为计算医疗产出量的核算基准，因而主要是核算日/床和门诊人次的医疗成本。但是，以此为医疗成本核算基准不能准确地衡量医疗成本的高低及合理性。因为传统医疗指标缺乏“病例组合”内涵，即不同的医院、科室，收治的病人不同，其医疗消耗也大不相同，故不同医院科室其每一日/床的医疗成本无可比性；即使是同一医院、科室，也可由人为因素通过有意识地挑选“病例组合”而不正常地干扰医疗变动成本。
医疗项目成本核算，虽然是一种服务量单位的成本核算，但不能代替医疗产出的度量。因为每个病人所需的医疗项目是由医生随机决定的，同样的病人所用的医疗费用，可能由于医疗决断的很大差异而各不相同。医疗产出计量及其医疗成本计算，必须先计算具有“病例组合”内涵的病例数量，其次才是这些病例所用的医疗项目的医疗消耗计算。综上所述，完善的医疗成本核算体系应该包括医院各级核算单位的成本核算、医疗项目成本核算和病种医疗成本核算，且最好是病种DRG的医疗成本核算。这种成本核算能够比较准确地反映一定的医疗产出量的医疗成本。这种成本核算对于改革公费医疗、劳保医疗制度或者实行医疗保险制度，合理利用医疗资源，合理补偿医疗消耗，更具有提供科学依据的科学性和实用性。
二、医院科室成本核算
医院科室成本核算是以医院的科室作为成本责任中心计算其成本，是医疗项目成本核算和病种医疗成本核算的基础。通过科室成本核算可以找出经营问题的症结所在，从而有利于改善经营，为控制成本提供方便，是节省开支，减少卫生资源浪费，加强医院对科室医疗投入、产出管理的重要环节。
应该明确的是，医院的现行财务报表是按费用的经济内容划分的，而成本项目是按费用的经济用途划分的。两种划分方法虽不一致，但可以将费用要素作为成本项目来核算成本。
（一）医院成本核算科室分类。应由粗到细循序渐进，可分六类，如图1。
图1 六类科室成本核算（二）科室成本核算的内容
图2 六类科室成本核算的内容（三）科室成本核算的原则界限
1．费用与成本的划分。为了正确核算成本，必须严格区分费用与成本，费用是按期间汇集的资金耗费，成本是按成本对象汇集的资金耗费。费用只有对象化以后，才能形成成本，只有与获取收入相配比的费用，才能进入成本，当期的费用不等于当期的成本。应计入成本的费用，是指为医疗服务所发生的费用，以及为组织和管理医院业务所发生的费用。不应计入成本的费用，是指专用基金和专项拨款支付的费用；中标科研课题补助费、医疗事故赔偿款、交通肇事及违章罚款，以及其他意外事故支付的费用（但在未改变现行医院财务管理办法前可暂记入）。
2．划清本期发生与非本期发生费用的界限。以权责发生制为依据，在计算期内发生的当期费用应计入成本；在计算期内分期计入的通过“预提费用”或“待摊费用”科目分期计入的费用，应分期计入成本。
3．划清各部门之间的费用界限。为了正确地计算各科室成本，分清成本责任，必须准确划分在业务活动中所发生的一切费用，并分别记入各科室和各自帐户。
（四）医院科室成本核算的方法
成本核算是对各项费用按照规定程序进行归集、分配、再归集、再分配的数据处理过程。
1．做好账务处理
（1）直接成本科室的核算
为了核算医疗服务、药品销售、制剂加工的科室成本，在资金占用类设置“医疗服务成本”、“药品销售成本”、“制剂加工成本”帐户。借方记各项业务活动中发生的费用；贷方记冲销转出数，月末结转“业务收支结余”帐户后无余额。“医疗服务成本”按临床和检查治疗科室设一级明细帐户。“药品销售成本”按药剂科设一级明细帐户；“制剂加工成本”控制剂产品设一级明细帐户。