全面取消农业税后，中央财政本来就面临压力，很难再通过转移支付去养一些“闲机构”和“闲人”，因此，县乡机构臃肿的现象必须改变。必须按照小政府大社会的原则，推进乡镇区划调整和机构改革，同时科学合理地确定乡镇内设机构和人员编制，利用免征农业税的机遇对乡镇机构进行改革调整，消除机构臃肿，分流和精简乡镇人员，提高工作效率，减轻财政负担。
目前，从可操作的角度看，撤乡并镇应是一条可行的途径。国家发改委副主任王春正在××年月日向全国人大常委会做报告时指出，到××年底，我国已经有个省份完成了乡镇撤并工作，全国乡镇总数由撤并前的个减少到个。也就是说从年开始，中国五年间撤并了多个乡镇，平均每天撤并个乡镇。当前我国行政机构设置本身存在着撤乡并镇的基础和可行性。同时，撤乡并镇也符合我国农村城镇化的大趋势。撤乡并镇，首先应将那些人口规模和经济总量比较小的乡镇合并。其次应按照城镇化的要求，以那些具有发展成为城市的乡镇为核心进行合并。对那些暂时不具备合并条件，但又不够建立乡镇财政条件，或建立乡镇财政后比较困难的乡镇，可考虑撤消乡镇财政，建立乡镇财务，待条件成熟后再建立乡镇财政。
同时按照精减、统一、效能的原则，合理确定乡镇职能、机构设置和人员编制。清退乡镇聘用人员，裁减超编人员，对现有干部实行民主推荐、竞争上岗、择优录用。同时，按照社会主义市场经济的要求，科学界定乡镇政府的职能和机构设置，切实减少行政审批，从抓生产经营，催种催收，真正转变到落实政策、行政执法、提供服务上来。
二、改革农村社会公共产品和公益事业投资体制
进入“后农业税时代”，农村社会公共产品和公益事业的体制主要由国家转移支付及村民“一事一议”方式加以解决。从国家转移支付角度来看，××年国家测定的全国农业税及特产税的总额为近亿，也就是说国家转移支付的资金总额在五年内每年可能不会超过个亿。而实际情况是乡镇资金在税费改革后的缺口每年将在亿以上。保工资、保运转已成当务之急，已无财力对农村社会公共产品和公益事业进行投资。从“一事一议”角度来看，标准低、数额小，与实际需要相差甚远，加之具体操作难、落实难，解决不了什么问题。所以农村社会公共产品和公益事业的投资体制必须进行改革。要大力鼓励个人出资参与公共品供给，缓解乡村公共品供求矛盾。从当前我国农村一些乡村公共品供给的实际情况看，即使在经济不发达地区甚至贫困地区，个人已成为乡村公共品供给的一个重要来源，对乡镇财政起到了拾遗补缺的作用。因此，制定能够充分调动个人参与乡村公共品供给的政策，鼓励个人出资，可以缓解当前乡村公共产品供给严重不足的状况。具体鼓励政策可包括以下几方面：第一，制定一定的税收优惠政策。税收优惠鼓励的具体做法可以是：根据个体和私营企业对公共品生产投入的规模和重要程度，确定它们在所得税和其他地方税征收中的抵扣或减免比例。投入规模越大，抵扣或减免比例越大。第二，利用冠名权和建碑、立传的形式，鼓励个人、私营企业出资参与公共品生产。第三，对在乡村公共品建设上有突出贡献的个体和私营企业给予政策倾斜，切实解决它们在发展过程中遇到的一些困难。第四，提高在乡村公共品建设上作出突出贡献的个体和私营企业主的社会地位。
三、调整教育资源配置，推进农村教育改革
“后农业税时代”，乡镇财政发生着巨大的变化。由于财力的因素，农村教育资源的配置需重新进行调整。在农村教育上，首先要重新就中央财政和乡镇财政职能定位，这样更有利于解决当前乃至今后在这农村教育方面供给不足的问题。目前，在县、乡财政能力普遍不足的情况下，县、乡很难胜任全部农村“普九”教育的责任，因此，有必要对现行农村教育供给体制进行改革，即变“普九”教育由县、乡财政承担为中央与县、乡共同承担，具体划分可考虑是：县、乡财政主要负责“普六”，中央财政负责剩下三年的教育责任。或者采取差别责任制，例如：在经济发达地区，由县、乡财政承担全部“普九”教育；在经济不发达地区，或乡镇财政规模有限地区，初中三年教育由中央财政负担；在经济发展一般地区，由县、乡财政和中央财政共同承担三年初中教育。事实上，目前中央财政已经负担了一部分贫困地区的“普九”教育，上述改革并不会大幅度增加中央财政的负担。与此同时，在农村教育中还可以通过合班并校、合理定员、竞争上岗、择优选聘等措施，调整优化农村中小学布局，精简优化教师队伍。按照危房改造同农村中小学布局调整相结合的思路，调整农村中小学布局。从实际出发，本着“小学就近入学、初中相对集中、优化教育资源配置”的原则，合理规划和调整学校布局。以使农村教育资源的配置更加科学化。
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