二、防范系统风险及网络风险，提高控制风险
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在系统具体运行中，支付风险更多的表现为运行风险、操作风险、网络风险。运行风险是指电子支付清算系统发生意外故障的潜在可能性，这是信息技术在支付清算系统应用中必然伴随的一种风险。操作风险是指由于系统相关程序存在缺陷及内部管理不充分或不到位，业务人员系统操作失当带来的风险。网络风险主要包括网络故障风险和数据传输风险。
在实际业务操作中，以上风险主要表现为：
（一）运行风险
一是系统赋予综合柜的权限过大，综合柜可以代替辖内任意网点处理各种业务，存在资金控制风险；二是业务复核可以履行会计主管的职权，例如联行柜复核员可以对网点发送的往账进行注销，三是支付系统查询查复没有复核功能，联行柜主管对查询查复业务可以一人完成，存在资金安全隐患。
（二）操作风险
一是操作人员在录入、复核支付往账业务时，由于操作速度快，导致不能及时发现该笔业务是否发送成功和发送状态，便进入了下一个复核画面；二是复核人员在复核完最后一个要素后，没有密切关注每笔业务提交联行接口状态提示，如果此时eci突然中断，很容易造成支付往账重发现象。
（三）网络风险
在实际运行过程中突然出现eci中断现象，导致支付往、来进程全部自动退出，重新登录时，提示“eci调用出错，查询此笔业务的支付状态”。运行风险、操作风险、网络风险的发生，一是会造成资金的误划或重划，形成错账甚至造成损失；二是易造成商业银行头寸不足，增加商业银行经营成本和银行资金调度的难度，甚至直接威胁支付系统的安全运行。
针对以上风险，建议采取以下应对措施：一是按照“相互监督、相互制约”的原则，合理赋予各岗位权限，完善岗位制约机制；二是在系统运行过程中，强化系统运行日常维护管理，坚决杜绝系统运行期间进行的任何无关操作行为，避免eci中断现象发生；三是在处理支付业务和清算账户业务时尽量提前业务处理时间，为有可能出现的网络故障留出足够的应对时间。
三、强化监督制约风险控制，完善风险防范保障措施
（一）联行柜发送往账时见不到原始凭证，监督环节削弱
以往支付业务（电子联行业务）的处理，要经过记账柜和联行柜以及事后监督人员的事前监督，同时原始凭证分别提交记账柜和联行柜；现行支付业务的处理只是经过网点柜和联行柜，虽然超过五十万元的业务需经会计主管签字审批，但是原始凭证全部留置网点并不传递至联行柜，只是将账务信息传递至联行柜，被动加入支付行号后发出，事后监督则是第二日的事后行为，容易产生支付业务风险。
（二）相关细节设置不够严谨，缺乏制约功能限制
一是系统对资金汇划凭证和回单采取的是自动销号功能，系统内设有登记簿，但所设登记簿没有销号日期；二是“一记双讫”的记账方式对于错记、漏记账务，在没有系统提示的情况下，容易造成账务平衡的假象；三是系统口令设置没有统一期限，有的期限设置过长容易造成口令的失密，同时也不利于口令的保管。
针对以上风险，建议采取以下措施：一是对于每笔支付业务，网点处理完毕后，由业务主管进入系统通过发出业务查询功能，与原始凭证进行逐笔核对，特别是金额的核对，以便及时发现差错，将风险控制在源头；二是建立资金汇划凭证和回单这两种重空的手工登记簿，实行手工与机器双管齐下，有效防范重空风险的产生；三是提高岗位人员的工作责任心，增强岗位人员资金风险防范意识的主动性、积极性。
坚持以人为本，构建人本管理风险保障体系
注重以人为本，挖掘队伍潜能，激发队伍活力。通过多种形式实行人性化管理，营造“团结和谐的人际环境、催人向上的工作环境、积极健康的文化环境”，形成重素质、重实力、重业绩的人本管理氛围。
一、强化绩效考核，形成内部良性竞争氛围
实行激励和约束机制，制定内部绩效考核办法、业务差错及工作失误责任追究制度，全面实行内部绩效考核，从基本的行为规范到业务运行操作中各个工作环节，考核涉及的内容覆盖所有业务风险点，尤其加大对重要岗位、重要环节的考核，对发生的业务差错和工作失误加大责任追究力度，增强对工作失职行为的惩戒力度。通过建立合理的绩效考核等正向激励机制与业务差错追究制度等反向约束机制，在职工中形成坚持制度、按章办事的理念，使各项工作更加科学化、制度化、规范化。