随着现代化支付系统建设的深化，支付清算方式发生了很大变化，支付清算环节中出现了各种新的风险点，对支付系统运行维护和风险防范提出了更高的要求，全方位构建支付风险防范体系是当前应该认真思考和高度重视的问题。
加强内控建设，构建内部管理风险防范体系
健全的内控机制是规范管理、防范风险的基础，以科学化、规范
化管理为核心，把内控建设摆在管理的突出位置，致力建立风险防范的长效机制。
一、健全运维制度，形成规范的制度体系
根据总行统一制订的支付系统运行管理框架和基本制度，结合基层央行的支付业务实际需要，在总行的制度管理框架内理顺基层央行支付系统内控体系结构关系，在系统维护标准、实施细则、操作流程等方面进行深入探索与改进，针对地市中支支付系统制定一些更加具体、简捷、明了的内控机制，比如在现有流程上增加一些内控环节，对红字冲正、错帐冲正、异地业务等重要业务事项增加业务主管在操作流程上的审核把关，全方位防范资金风险。
二、强化履职能力，制约机制务求实效
重新修订岗位职责，按要求层层签订岗位责任制，做到责任到人、到岗，强化岗位相互间的制约和监督机制。实行严格的书面授权制度，对各个程序及岗位，合理地授予相应的责任和权力，形成分工明确、权责对等的风险防范体系。严格实行重要事项审批制度，办理业务时不得接受不符合制度的任何指令，上级授权处理的事项必须履行必要的手续。
三、重视运行监测和维护，完善监督保障手段
建立支付系统维护及日常检查制度，重视对支付系统的日常运行监测，对系统无法自动监控点加大手工巡查力度，把约束力渗透到每一个操作环节，夯实风险防范基础。与科技部门密切合作，做好系统软硬件管理和维护工作，及时解决系统运行中出现的问题，确保账务数据安全。
四、重视应急管理，提高应急处置能力
把握内部管理和风险控制的重点，完善有关系统的应急处置预案和风险防范措施，确保应急机制和信息渠道畅通，以备在突发事件下能够保证核算业务不间断运行。认真参加总行组织的各项应急演练,并按照预案开展演练，提高支付系统对危机的处置能力，防范支付清算风险。
增强防范意识，构建系统运行风险控制体系
现代化支付系统(cnaps)是金融体系风险传播和控制的重要渠道，支付系统中可能出现流动性风险、信用风险、法律风险、运行风险和系统性风险。诸风险有着广泛的联系，一种风险出现并扩大时，有可能导致另一种风险，各种风险之间存在明显的传导性、方向性，构成一个完整的传递链条。
一、重视地方性法人金融机构流动性风险，尝试建立有利于金融稳定的资金调剂机制
流动性风险主要是因客户或银行结算资金不足所造成的支付延迟或失败的潜在可能性。
从包头地区的情况看，20xx年末全市参加大额支付系统共12家金融机构，其中两家直接参与者包头商行和交行大额支付往账金额合计和来账金额合计分别占到包头地区的55.1%和42.1%，而包头商行一家就占到全市的49%和38.7%。近两年，包头商行和交通银行包头分行均发生过清算账户空头或准备金不足情况。
在基层央行的实际工作中，对同城交换透支行为缺乏制度约束。支付结算制度中对政策性银行、国有商业银行等非法人机构开立的“准备金存款”账户的透支行为无明确的处罚措施，人民银行提供的贷款已成为解决商业银行出现透支的唯一手段。往往是人行基层网点在发现商业银行同城差额导致清算账户空头时既无有效的快速援助手段，又无严格的制度措施进行约束管理，只能督促商业银行尽快筹集资金，工作极为被动。而商业银行大多没有时间或没有渠道调剂资金弥补空头，导致abs无法结账，基层人行只能通过货币信贷部门主动向上级行申请规模，为其发放再贷款，如果在内部某一环节上出现不衔接，就会导致再贷款不能到位。
针对上述流动性风险，建议采取以下应对措施：一是加强对商业银行资金流动性的管理，督促其及时了解本机构同城资金的变动情况，准确进行日常资金头寸的管理，备足准备金，发现资金不足及时弥补，对每日同城资金清算的情况进行连续、滚动、实时的监控，及时、准确把握异常动向。二是健全存款准备金余额考核制度，加大对日间透支行为的处罚力度。赋予基层央行对清算行透支行为的处罚权，加强对其存款准备金余额的考核，加大经济处罚力度，扼制透支现象的发生。三是建立人民银行与各金融机构、人民银行内部相关部门之间良好的协调互动机制，督促商业银行系统内建立资金调度应急机制，明确专人负责，确保随时在系统内调度资金，解决基层营业网点辖区商业银行出现的透支。